Le ou la candidat(e) sera employé par l’AP-HP, l’Institut Curie, ou Gustave Roussy pour être mis(e) à disposition auprès du GCS SeqOIA.

Poste à temps plein.
Poste à pourvoir au plus vite.

Personne à contacter :
Florence Baguet, directrice opérationnelle du GCS SeqOIA
florence.baguet@laboratoire-seqoia.fr

Présentation de la structure

Le  projet  SeqOIA  (Sequencing,  Omics,  Information  Analysis)  est  l’une  des  deux  plateformes  sélectionnéepar  le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet pour la mise en œuvre de plateformes de séquençage  très  haut  débit  à  visée  sanitaire  du  Plan  France  Médecine  Génomique  2025.  Elle  est  adossée  à  un Groupement  de  Coopération  Sanitaire  (GCS  SeqOIA)  de  droit  privé  associant  l’AP-HP,  l’Institut  Curie  et  Gustave Roussy, en lien avec la société Integragen.

Le laboratoire de biologie médicale SeqOIA est constitué:

• d’une plateforme  d’analyse SeqOIA-GEN  localisée  dans  le  bâtiment  Leriche (ancien  hôpital  Broussais)en charge de la réception des échantillons, de l’extraction des acides nucléiques et de la production des données de séquençage;
• d’une plateforme de Bio-informatiqueSeqOIA-IT localisée au sein du campus Picpus de l’AP-HP, agréée à l’hébergement des données et en charge du traitement bio-informatique des données;
• d’une  plateforme  d’interprétationcomposée  de  biologistes  experts  des  laboratoires  de  médecine génomique : 1  Institut  Curie,  1  Gustave  Roussy  et 6AP-HP  (1  par  université  hébergeant  une  faculté  de Médecine).Ces biologistes exercent dans leurs établissements respectifs.

La plateforme a pour objectif de produire à terme 18 000 équivalents génomes en 2022. Afin de garantir un accès équitable des patients sur tout le territoire, elle prendra en charge les patients des régions Ile-de-France, Bretagne, Pays de la Loire, Normandie, Hauts de France, Centre Val de Loire. Elle est actuellement dans une phase de montée en charge de son activité : 1300 génomes ont été séquencés en septembre 2020, mais l’ouverture récente de nombreuses pré-indications va contribuer à cette augmentation.

Le laboratoire est localisé sur le site de l’ancien hôpital Broussais, bâtiment Leriche à l’endroit où est assuré l’accueil des échantillons, leurs préparations et le séquençage.

Des équipements de dernière génération ont été installés sur la plateforme, en particulier deux séquenceurs NovaSeq 6000®.

Trois types d’analyses sont réalisées sur la plateforme : WGS, WES et RNAseq (WTS).

L’équipe SeqOIA-GEN, chargée du pilotage médical et de la production des séquences, située sur Broussais, est composée de 3 techniciens de laboratoire, d’un responsable qualité, d’un directeur médical, de la directrice opérationnelle et de 5 personnes de l’équipe de la société Integragen. Plusieurs recrutements sont en cours.

L’équipe SeqOIA-IT, chargée du Système d’Information du laboratoire dans son ensemble et plus particulièrement de l’analyse bioinformatique des séquences produites est composée de 2 ingénieurs systèmes et réseaux, 2 développeurs, 1 intégrateur d’application, 2 bioinformaticiens analystes et d’un directeur.

Les outils informatiques de SeqOIA ont été développés et déployés depuis le début de l’activité du laboratoire par l’équipe de SeqOIA-IT. Il n’y a donc pas de données à récupérer ni à structurer depuis d’autres sources. Les données proviennent d’un logiciel de prescription (« SPICE ») et d’un logiciel d’analyse des résultats (« GLEAVES »). Un système informatique de laboratoire (« SIL ») est en cours de déploiement pour la partie production de génomes et suivi technique des échantillons (contrôles qualités notamment).

L’outil de prescription SPICE permet d’une part le recueil de l’intégralité des informations nécessaires et utiles à la prise en charge d’un patient par le Laboratoire SeqOIA (données démographiques et cliniques) et d’autre part d’assurer le suivi et la traçabilité du parcours du patient jusqu’au rendu des résultats de l’examen.

L’outil d’aide à l’interprétation GLEAVES permet, au travers d’une interface web conviviale, dans le cadre des pré-indications Maladies Rares, Onco-génétique constitutionnelle et Cancer, d’accéder à l’intégralité des altérations génétiques détectées, de les trier (selon des critères techniques, génétiques et cliniques) et enfin de les sélectionner pour intégration dans un compte-rendu.

Identification du poste

ÉTABLISSEMENT

GCS SeqOIA
Equipe SeqOIA-IT
Site Picpus – 33 bd Picpus, 75012 PARIS

DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE

Le Data Scientist a pour mission immédiate d’aider au pilotage de la plateforme en produisant des indicateurs de production permettant d’ajuster les organisations et les circuits qui viennent d’être mis en place. Ces indicateurs seront à définir avec l’équipe du laboratoire et de SeqOIA-IT et pourront être adaptés en fonction des besoins. Ils serviront aux rapports d’activité fréquents auprès des différents acteurs en lien avec la plateforme.

Le Data Scientist sera également chargé d’aider à améliorer le logiciel d’interprétation des résultats (« GLEAVES ») avec des propositions d’exploitation des données validées (génomiques et cliniques) conjointement avec l’équipe de SeqOIA-IT et les biologistes chargés de l’interprétation.
Il pourra contribuer à des projets de recherche scientifique en lien avec l’activité de la plateforme.

LIENS HIÉRARCHIQUES

• Le directeur de SeqOIA-IT
• La directrice opérationnelle du GCS SeqOIA

LIENS FONCTIONNELS

• Le directeur médical du LBMMS SeqOIA
• Les personnels du laboratoire
• Les biologistes /praticiens habilités du LBMMS SeqOIA

QUALITÉS ET COMPETENCES REQUISES

• Expertise en statistiques, en base de données (MongoDB, Elastic Search), en développement de modèles de machine learning, en calcul distribué et en data management, en développement et en déploiement de modèles statistiques et de machine learning
• Connaissance de l’organisation du système de santé
• Connaissance de la règlementation informatique et liberté
• Conception de projet et de processus
• Animer, communiquer et motiver au sein d’une équipe projet
• Concevoir et rédiger une documentation spécifique à son domaine de compétence

CONDITIONS DE TRAVAIL - ÉVOLUTION DU POSTE

Possibilité de télétravail

Des réunions (physiques ou par visio) peuvent avoir lieu dans les hôpitaux partenaires : APHP, Institut Curie, Gustave Roussy mais aussi les hôpitaux relevant de l’aire géographique du GCS SeqOIA (Ouest et Nord de la France).

Le contenu du poste peut évoluer en fonction des compétences individuelles et de l’évolution de l’activité.