Plateforme de génomique

Cette plateforme est rattachée à la plateforme de biologie intégrée [3]

La plateforme de génomique de Gustave Roussy est prestataire de service en biologie moléculaire dans les domaines de la transcriptomique et de la génomique pour l’ensemble des projets de recherche fondamentale et translationnelle menés dans le cadre de partenariats académiques et industriels, français ou internationaux. La plateforme de génomique propose du design d'études, la préparation et/ou la validation des échantillons biologiques (extraction ARN/ADN), l’exécution des expériences microarrays (CGH, GE et miRNA), TLDA PCR arrays, TLDA microRNA PCR assays et des technologies émergentes haut débit pour le séquençage d’acides nucléiques, la recherche de mutations et le génotypage. Grâce au programme SIRIC SOCRATE, l’acquisition de nouveaux équipements de pointe (séquenceur MiSeq Illumina, robot Covaris E220 LGC genomics) a permis de développer les techniques de WGS (Whole Genome Sequencing), WES (Whole Exome Sequencing), RNAseq (transcriptome), ChIPseq (Chromatin Immuno-Precipitation) et développement d’un protocole de Ion AmpliSeq sur MiSeq.

Elle fonctionne en partenariat étroit avec la plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy [4]

Services

• Définition du design expérimental optimal en collaboration avec les porteurs de projets
• Conseil pour la structuration et mise en place des projets
• Conseil et accompagnement pour la préparation d’échantillons/contrôle qualité.
• Production de microarrays Agilent (Gene Expression, miRNA, Comparative Genomics Hybridization)
• Séquençage haut débit avec les technologies Ion Torrent (Life Technologies) et Illumina (HiSeq2000 et MiSeq)
• Mise à disposition sur réservation des équipements suivants : Nanodrop (quantification des acides nucléiques), Bioanalyseur (contrôle qualité d’acides nucléiques ou des protéines), appareil de PCR en temps réel (plaque 96 puits ou planques TLDA), Covaris S220 (fragmentation de l’ADN)
• Acquisition d'un Biomark complété par un module C1 (Fluidigm) (développement de protocoles à l’échelle unicellulaire : analyses en nano Taqman (SNP ou PCR temps réel) pour l'analyse simultanée et rapide de 48 ou 96 échantillons sur 48 ou 96 cibles (SNP ou gènes, jusqu'à 9216 PCR simultanées); RNA-seq; AmpliSeq sur MiSeq mis en place sur la plate-forme permettant d’étudier la présence de mutation à partir de 10ng de matériel)