Le.la candidat.e sera employé.epar l’AP-HP, l’Institut Curie, ou Gustave Roussy pourêtremis.e à disposition auprès du GCS SeqOIA

Présentation de la structure

Le  projet  SeqOIA  (Sequencing,  Omics,  Information  Analysis)  est  l’une  des  deux  plateformes  sélectionnéepar  le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet pour la mise en œuvre de plateformes de séquençage  très  haut  débit  à  visée  sanitaire  du  Plan  France  Médecine  Génomique  2025.  Elle  est  adossée  à  un Groupement  de  Coopération  Sanitaire  (GCS  SeqOIA)  de  droit  privé  associant  l’AP-HP,  l’Institut  Curie  et  Gustave Roussy, en lien avec la société Integragen.

Le laboratoire de biologie médicale SeqOIA est constitué:

• d’une plateforme  d’analyse SeqOIA-GEN  localisée  dans  le  bâtiment  Leriche (ancien  hôpital  Broussais)en charge de la réception des échantillons, de l’extraction des acides nucléiques et de la production des données de séquençage;
• d’une plateforme de Bio-informatiqueSeqOIA-IT localisée au sein du campus Picpus de l’AP-HP, agréée à l’hébergement des données et en charge du traitement bio-informatique des données;
• d’une  plateforme  d’interprétationcomposée  de  biologistes  experts  des  laboratoires  de  médecine génomique : 1  Institut  Curie,  1  Gustave  Roussy  et 6AP-HP  (1  par  université  hébergeant  une  faculté  de Médecine).Ces biologistes exercent dans leurs établissements respectifs.

La plateforme a pour objectif de produire à terme 18 000 équivalentsgénomes en 2022. Afin de garantir un accès équitable des patients sur tout le territoire, elle prendra en charge les patients des régions Ile-de-France, Bretagne, Pays de la Loire, Normandie, Hauts de France, Centre Val de Loire.Elle est actuellement dans une phase de montée en  charge  de  son  activité:  1300  génomes  ont  été  séquencés  en  septembre  2020,  mais  l’ouverture  récente  de nombreuses pré-indications va contribuer à cette augmentation.

Le poste concerne les personnels de SeqOIA-GEN. Il est localisé sur le site de l’ancien hôpital Broussais, bâtiment Lericheà l’endroit où sontassurésl’accueil des échantillons, leurs préparations et le séquençage.

Des équipements de dernière génération ont été installés sur la plateforme, en particulier deux séquenceurs NovaSeq 6000®. Trois types d’analyses sont réalisés sur la plateforme : WGS (Whole Genome Sequencing), WES (Whole Exome Sequencing) et WTS ou RNASeq (Séquencage des ARN) dans le domaine des maladies rares et des cancers puis à terme des maladies communes.

L’équipe située sur Broussais est composée de 3 techniciens de laboratoire, d’un responsable qualité, d’un directeur médical et 1 assistant.e médico-administratif.ve en lien avec l’équipe de la société Integragen. Plusieurs recrutements sont actuellement en cours.

Identification du poste

ÉTABLISSEMENT

GCS SeqOIA
Site Broussais-Bâtiment Leriche –RDC Bas
Rue Huguette Schwartz, 75014 PARIS

DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE

Le technicien de la plateforme SeqOIA-GEN assure la réalisation technique des examens médicaux sous la responsabilité du Biologiste Responsable.

Il assure l’ensemble des étapes techniques incluant réception des échantillons, extraction des acides nucléiques, préparation des librairies et séquençage haut débit. Ces missions se font en lien avec l’équipe de la société Integragen, dans un management intégré.

La mise en place de la plateforme et la montée en charge de l’activité nécessitent actuellement un fort investissement dans les activités pré-analytiques, en lien avec les établissements prescripteurs.

ACTIVITÉS PRINCIPALES :

Activités pré-analytique :

• Réception des prélèvements biologiques et enregistrement sur le logiciel de e-Prescription
• Contrôle de la conformité des demandes des examens (prescription, acheminement et échantillons)
• Réponses  et  accompagnement  des  prescripteurs,  en  lien  avec  la  société  prestataire  en  charge d’acheminer les échantillons

Activités analytiques :

• Réalisation des examens biologiques :

  o    Extraction des acides nucléiques (prélèvements sanguins et tissus congelés)
  o    Contrôle de la qualité des acides nucléiques
  o    Préparation des banques de séquençage (WGS, WES et RNAseq)
  o    Identitovigilance
  o    Chargement et lancement du séquenceur à très haut débit (NovaSeq® 6000, Illumina)

• Participation à la validation technique des résultats
• Participation au développement technologique
• Conservation des échantillons

Participation au système qualité du LBM :

• Participation active à la politique qualité instaurée par le LBM (ISO 15189)•Utilisation du SIL du LBM SeqOIA et du logiciel qualité(Kalilab®)
• Participation à la déclaration et au traitement des non-conformités
• Contribution à la rédaction de la documentationinhérenteà son activité

Divers :

• Gestion des stocks de réactifs et consommables
• Participation à la maintenance des automates
• Participe à la vie du laboratoire (tri et évacuation des  déchets, rangement des paillasseset laboratoires,..)

LIENS HIÉRARCHIQUES

• Le directeur médical du LBM SeqOIA

LIENS FONCTIONNELS

• Le responsable qualité du LBMMS SeqOIA
• Les techniciens du LBMMS SeqOIA
• Les bio-informaticiens de SeqOIA-IT
• Les  biologistes  et  les  médecins  prescripteurs  des  différents  établissements  de  la  zone  géographique  de SeqOIA
• La directrice opérationnelle du GCS SeqOIA
• Le.la responsable du pôle ressources

CONNAISSANCES ASSOCIÉES

• Diplôme d’Etat de technicien de laboratoire médical
• Connaissance des techniques de biologie moléculaire de base (extraction des acides nucléiques, techniques PCR, identitovigilance...)
• Connaissances informatiques de base (SGL, Kalilab...)
• Connaissances des règles d’hygiène et de sécurité au travail

QUALITÉS REQUISES

• Capacité à communiquer et s’adapter au travail en équipe
• Sens de l’organisation et rigueur méthodologique
• Sens des responsabilités et esprit d’initiative
• Précision, rigueur dans l’organisation et l’exécution du travail
• Capacité à discuter avec différents professionnels : cliniciens, biologistes, bio-informaticiensetc.
• Capacités à suivre des instructions de travail
• Conscience professionnelle
• Disponibilité, autonomie
• Respect du secret professionnel
• Respect des règles de qualité et de sécurité (Norme ISO15189, risques professionnels...)
• Capable de faire un retour synthétique du travail effectué et des difficultés rencontrées
• Capacité à prendre des initiatives

CONDITIONS DE TRAVAIL -ÉVOLUTION DU POSTE

Poste à 100% mais possibilité d’avoirune quotité de travail inférieure, partagée dans un service d’un établissement membre du GCS SeqOIA(APHP, Institut Curie ou Gustave Roussy).

Plages horaires du laboratoire : lundi au vendredi de 8H à 18H30 avec présence d‘au moins un technicien sur la plage horaire d’ouverture de la plateforme.

Pas de possibilité de télétravail.