Activités de la plateforme de bioinformatique

• Analyse de données de séquençage en (épi)génomique/transcriptomique (WGS/WES/TGS, RNA-seq, ChIP/ATAC-seq, Single-Cell, Long Reads)
• Gestion des données (récupération, centralisation, organisation, étiquetage, mise à disposition/partage)
• Support aux bioinformaticiens, biologistes, et cliniciens de Gustave Roussy
• Aide à la publication (matériel et méthodes, figures, dépôt des données sur les bases de données publiques comme GEO/SRA/EGA/dbGAP)

Equipe

Responsable scientifique
Pr Nathalie Chaput-Gras
E-mail

Responsable opérationnel
Dr Lydie Cassard

Assistante Hospitalo-Universitaire
Dr Marie Naigeon

Ingénieur
Jean Jouniaux

Ingénieur d’étude
Lisa Boselli

Technicien
Jonathan Grivel
 

Equipements

• 1 MACSQuant 16 Cytometer – Miltenyi Biotec Inc.
• 1 CytoFLEX S base Cytometer – Beckman Coulter
• 2 GALLIOS Cytometer – Beckman Coulter
• MAGPIX Multiplexing System – Luminex B.V.
• MESO QuickPlex SQ 120 – Meso Scale Discovery (LRTI)
• GentleMACS Dissociator - Miltenyi Biotec Inc.
• Vi-CELL XR Cell Analyzer – Beckman Coulter
• xCELLigence RTCA - Agilent

Activités

Le laboratoire d’Immunomonitoring en oncologie (LIO), créé fin 2014, est une unité de recherche translationnelle. Le principal objectif du laboratoire est d’identifier des biomarqueurs sanguins ou tumoraux pouvant prédire la réponse ou la résistance aux immunothérapies anti-tumorales, ainsi que l’émergence de certains effets indésirables immunologiques pouvant être liés à ces traitements. Un autre objectif est de comprendre les mécanismes d’action des immunothérapies anti-tumorales.

Centre de Resources Biologiques - Contacts

Pour tout besoin de conseils sur l’utilisation de nos services ou pour toute réclamation la Biobanque se tient à votre disposition.

Activités du Centre de Ressources Biologiques

La Biobanque de Gustave Roussy prend en charge les matrices biologiques suivantes :

• Sang
• Urines
• Salive
• Selles
• Cheveux
• Tissus congelés (biopsies, pièces opératoires)
• Tissus fixés (FFPE)
• Acides nucléiques (ADN, ARN)

Elle assure la réalisation des activités suivantes :

Membres de l’équipe du BMO

• Lacroix Ludovic, Biologiste/Responsable
• Jacques Nathalie,Cadre laboratoire RT
• Saulnier Patrick, Ingénieur biologiste
• Camara-Clayette Valérie, Ingénieur biologiste
• Jovelet Cécile, Post Doctorante
• Honoré Aurélie,Technicienne
• Laporte Mélanie,Technicienne
• Lecourt Hélène,Technicienne
• Louis Maxime,Technicien
• Motté Nelly, Technicienne
• Paume Clélia,Technicienne
• Richon Catherine,Technicienne

Equipement du BMO

• 2 Bioanalyseurs 2100 (Agilent)
• 1 Nanodrop pour quantification d’échantillons (Ozyme)
• 1 Liquidator (Mettler Toledo)
• 2 QBIT quantification d’échantillons (Labtech )
• 6 blocs PCR (96puits)
• 1 bloc Vii7 PCR Quanti 96puits (LifeTechnologie)
• 2 blocs PCR VERITI (LifeTechnologie)
• 1 Extracteur ADN EZ1 (Qiagen)
• 1 Séquenceur 48 Capillaires mutualisé avec Biopath (LifeTechnologie)
• 2 PGM IonTorrent + 3 OneTouch, séquençage NGS (Life Technologie)
• 1 Plateforme Affimetrix

Module de Biopathologie Moléculaire (BMO)

Ce module est rattaché à la plateforme de génomique de Gustave Roussy.

Le module BioPathologie Moléculaire (BMO) réalise des analyses moléculaires (séquençage de plus de 350 cibles, PCR, QPCR, NGS…) dans le cadre d’essais cliniques ou de projets de recherche. Ce module est également impliqué dans les analyses mutationnelles relatives au programme de Médecine Personnalisée de Gustave Roussy.

Membres de l’équipe de la plateforme de métabolomique​

• Guido Kroemer, Responsable scientifique
• Sylvère Durand, Responsable opérationnel
• Fanny Aprahamian, Assistante technique