Le pilotage stratégique et opérationnel de la recherche de Gustave Roussy est assuré conjointement par la Direction de la Recherche de l’Institut et la Direction de la Fondation Gustave Roussy qui élaborent conjointement une feuille de route quinquennale pour la recherche.

Ce pilotage s'appuie sur trois comités conjoints entre l’Institut et la Fondation : le comité stratégique de la recherche qui valide les principales orientations stratégiques et programmes de recherche institutionnels, le conseil scientifique international qui émet des conseils à moyen et long terme pour guider la stratégie de Gustave Roussy en matière de recherche, et le comité de la collecte, qui propose les affectations de dons et legs en soutien à la programmation de recherche tout en s’'assurant du respect de la volonté des donateurs.