Sélection du projet SeqOIA porté par l’AP-HP, l’Institut Curie et Gustave Roussy pour la constitution d’une plateforme nationale de séquençage génomique très haut débit

Paris, le 17 juillet 2017

Sélection du projet SeqOIA porté par l'Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, l'Institut Curie et Gustave Roussy pour la constitution d’une plateforme nationale de séquençage génomique très haut débit dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025

La constitution de cette plateforme pilote, dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, permettra l'intégration du séquençage génomique très haut débit au parcours de soin du patient.

Le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), la plateforme génomique de Paris Région, a été sélectionné par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l'appel à projet pour la mise en œuvre et l'évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire, du Plan France Médecine Génomique 2025 qui promeut la mise en œuvre et la prospective sur 10 ans des conditions de l'accès au diagnostic génétique en France. Le projet SeqOIA est l'une des deux plateformes sélectionnées avec le projet AURAGEN, porté par les Hospices Civils de Lyon, le CHU de Grenoble, le CHU de Saint-Etienne, le CHU de Clermont-Ferrand, le Centre Léon Bérard, le Centre Jean Perrin et l'Institut de cancérologie de la Loire.

Ces deux projets sont les premiers du Plan France Médecine Génomique 2025, élaboré par Aviesan et financé par l'État.

Retenu par un jury international, le laboratoire de génomique médicale SeqOIA réunit au sein d’un groupement de coopération sanitaire (GCS) trois établissements de santé en Ile-de-France, l'AP-HP, l'Institut Curie et Gustave Roussy. Ce GCS est soutenu par  les sept universités d'Île-de-France hébergeant des facultés de médecine et l'Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Imagine avec lesquels, lorsque le partenaire industriel aura été choisi, il signera un accord de consortium. Ce consortium constitue une opportunité majeure pour la mise en place des programmes de formation indispensables pour accompagner toutes les facettes du déploiement de la médecine génomique (médecine, bio-informatique, mathématiques, bio-statistiques, etc.), ainsi que pour l'industrialisation des process de séquençage concernant le cancer comme les maladies rares.

SeqOIA répond à un triple enjeu :

• De santé publique, en proposant, grâce à une modification du parcours et l'organisation des soins, un accès égal au séquençage qu'il s'agisse de besoins diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques ;
• Scientifique, technologique et clinique, en permettant une meilleure compréhension des pathologies dans les domaines du cancer, des maladies rares et des maladies communes, ainsi qu'en développant une expertise bio-informatique en sciences du calcul et des données ;
• Économique, en développant une nouvelle filière industrielle et en réduisant les coûts pour le système de soin.

L'objectif principal de la plateforme génomique SeqOIA est de développer et structurer la médecine génomique en Ile-de-France. La plateforme démarrera son activité début 2018 après une phase d'initialisation de six mois. L'objectif est de séquencer 18 000 équivalents génomes par an en 2022 pour répondre aux besoins nationaux. Articulée autour de 9 laboratoires de médecine génomique, la plateforme se dotera d'un partenaire industriel pour le séquençage à très haut débit qui sera désigné après un appel à concurrence lancé dans les tous prochains jours. Elle se basera sur une structure unique de bio-informatique utilisant une infrastructure de stockage et de calcul hébergée au sein de l'AP-HP, agréée à l'hébergement des données de santé.

Elle sera capable de prendre en charge non seulement les échantillons issus des 3 établissements porteurs du projet, mais aussi des échantillons issus des établissements hors GCS, au niveau régional ou national, garantissant un accès égal au séquençage.

Les partenaires de SeqOIA possèdent une expertise unique dans le domaine des maladies rares avec plus de 50% des centres de référence maladies rares (CRMR) français réalisant plus 130 000 consultations par an et un adossement recherche unique en France en particulier au sein de l'IHU Imagine, institut dédié aux maladies rares génétiques et partenaire du projet.

En ce qui concerne le cancer, à eux trois, l'AP-HP, l'Institut Curie et Gustave Roussy réalisent 58% des séjours en Ile de France en 2015 (640 372 séjours), 49% des séances de chimiothérapie (204 541 séances) et 79% des séances de radiothérapie (258 675 séances). Ils traitent 86 821 patients, soit 44% des patients suivis pour cancer en Ile-de-France. Au niveau national, 17% des patients ayant un diagnostic principal de cancer sont pris en charge en Ile-de-France.

SeqOIA, un partenariat unique dans l'histoire de l'Île-De-France

S'appuyant sur des infrastructures existantes et une expertise acquise dans l'utilisation du séquençage génomique à haut débit dans les activités de diagnostic, SeqOIA représente une masse critique qualitative et quantitative de premier plan en France capable de contribuer de façon décisive à l’avancée des objectifs du Plan France Médecine Génomique 2025.

Cette organisation permettra un déploiement rapide de la plateforme et l'optimisation de son intégration dans l’offre de soins existante, avec une évaluation de l'impact médical et économique pour les patients pris en charge.

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