Le programme de profilage génomique par biopsie liquide de Gustave Roussy est ouvert à l’ensemble des patients du territoire français, y compris ultramarin.

L'approche générale du programme FRESH est d’offrir aux personnes atteintes de cancer l’accès à une proposition thérapeutique personnalisée, y compris l’accès à des traitements innovants prometteurs en se basant sur un profil moléculaire de leur tumeur.  

L’accès à la médecine de précision partout en France est rendu possible grâce à la biopsie liquide, qui permet de réaliser des profilages génomiques tumoraux à partir de simple prise de sang. C’est une méthode non-invasive, capable d’identifier avec grande précision des anomalies génomiques dans l’ADN tumoral présent dans le sang d’un patient. Elle offre une alternative aux biopsies tissulaires traditionnelles, et est particulièrement avantageuse pour les patients dont les tumeurs sont difficilement accessibles, ou dont l’état de santé ne permet pas une intervention invasive. L’analyse et le rendu des résultats sont aussi beaucoup plus rapides (15 jours en moyenne).

Fort d’une expérience de plus de 7 000 inclusions – essai STING et PRISM -  Gustave Roussy a décidé d’investir massivement sur un programme de biopsie liquide au service des patients atteints de cancers métastatiques avancés. Ce programme combine l’accès à une technologie de pointe dans un contexte de laboratoire de biologie médicale et l’interprétation thérapeutique de l’information obtenue par une équipe pluridisciplinaire d’experts en oncologie.

Ouvert en juillet 2024, le programme FRESH est le fruit d’un partenariat ambitieux public-privé entre Gustave Roussy, Roche et Foundation Medicine (FMI). Il vise à déployer la médecine de précision grâce à la biopsie liquide sur tout le territoire français. L’objectif est de monter et fédérer un réseau national de centres de soin pour améliorer l’équité territoriale d’accès au soin et de mener d’ambitieux projets de recherche en oncologie avec ces centres de soins partenaires.

Au cœur du programme FRESH, il y a deux atouts importants et différenciants. Tout d’abord, un laboratoire de profilage génomique est installé au sein du département de biologie et pathologie médicales de Gustave Roussy, dans le service de génétique des tumeurs. Il utilise le test FoundationOne Liquid CDx (F1LCDx) qui analyse un panel de plus de 300 gènes pour rechercher les altérations génomiques qui provoquent l’initiation ou le développement des cancers. Au niveau national, ce test est uniquement disponible au sein de Gustave Roussy. Ensuite, l’interprétation des résultats est basée sur une grande expertise tant pour l’analyse des mutations que pour une orientation thérapeutique.

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Les explications du programme Fresh en vidéo

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Le parcours au sein du programme FRESH se déroule ainsi :

• Prélèvement sanguin : Afin de réaliser l’analyse tumorale, une prise de sang est réalisée dans le centre de soin où le patient est pris en charge.
• Envoi des tubes de prélèvement : Le laboratoire qui a réalisé la prise de sang envoie les tubes à Gustave Roussy et renseigne la demande sur un portail numérique : Netsig.
• Analyse génomique : Les échantillons sanguins sont ensuite préparés et analysés dans le service de génétique des tumeurs de Gustave Roussy par l’équipe dédiée au profilage génomique des biopsies liquides, avec une technologie de pointe spécifiquement optimisée pour analyser l’ADN tumoral circulant.
• Génération d’un compte-rendu : Les données de l’analyse moléculaire sont revues par des biologistes médicaux français dans un environnement accrédité et un compte-rendu de biologie médicale est émis, sous 15 jours après la réception des tubes de sang à Gustave Roussy.
• Interprétation des résultats et orientation thérapeutique : Le compte-rendu de biologie médicale est ensuite discuté au cours d’une réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP moléculaire) à Gustave Roussy et dans des centres de soins partenaires. Cette réunion hebdomadaire réunit des oncologues, biologistes médicaux, pathologistes et experts en médecine de précision pour proposer des traitements adaptés et des essais cliniques en lien avec les anomalies moléculaires détectées, la situation clinique et géographique du patient.

Analyse des variants d’intérêt par un biologiste médical

Le programme FRESH, avec une capacité d'analyse de plus 8 000 tests par an, est opérationnel depuis juillet 2024. Il a pour objectif de faire bénéficier de la biopsie liquide et du test F1LCDx – l'un des deux tests de biopsie liquide reconnus par la FDA – à tous les centres hospitaliers français qui le souhaitent, publics ou privés, désireux de proposer à leur patient cette solution.

Des besoins importants en France

Les besoins de tests moléculaires pour les patients français atteints d’un cancer ont été évalués dans une enquête conduite avec des experts académiques et les équipes d’Unicancer. Elle a établi que les tests de profilage génomique constituent une part importante des besoins, avec environ 205 000 patients par an concernés pour 375 000 marqueurs.

Orientation thérapeutique

Concernant les orientations thérapeutiques, la participation des médecins prescripteurs (ou personnels) des centres externes est fortement encouragée dans le cadre du programme FRESH. Cette réunion d’orientation thérapeutique (RCPM pour Gustave Roussy) est virtuelle et hebdomadaire. Elle permet d’arriver à une décision collégiale sur les options d’orientation thérapeutique, en particulier vers des essais ouverts dans le centre du médecin prescripteur ou dans les centres les plus proches du domicile des patients concernés, en prenant en compte les anomalies moléculaires, la situation clinique et géographique du patient.

Le partenariat entre Gustave Roussy et le centre prescripteur se matérialise par une convention de sous-traitance entre les laboratoires de biologie médicale de l’établissement de santé et le laboratoire d’analyses de biologie médicale de Gustave Roussy.

Laboratoire de profilage génomique des biopsies liquides à Gustave Roussy, séquenceur Novaseq 6000

Le programme FRESH génère des données moléculaires et les structure, pour chaque centre participant, dans une base de données cBioPortal.

Chaque établissement de soins prescripteur dans le programme FRESH alimente une base de données commune avec des annotations clinico-biologiques essentielles au rendu des avis de la réunion de l’orientation thérapeutique (RCPM) pour leurs patients, et à l’utilisation ultérieure des données. Cette base de données est rendue accessible à chaque centre participant pour des recherches sur les résultats de leurs patients, ainsi que sur l’ensemble de la base pour des requêtes par indication, biomarqueur, ou autres critères. Concernant des projets de recherche plus approfondis, ils sont soumis à un comité de pilotage multi-institutionnel pour les valider.

 
Les patients peuvent participer au programme FRESH dans le cadre du soin courant. Cependant, des protocoles cliniques sont également associés au programme FRESH, pour aider à la collection de données cliniques, afin de déterminer l’intérêt clinique de la biopsie liquide et des panels larges, pour les patients métastatiques.

Les essais cliniques

STING

L’essai clinique STING permet aux patients atteint de cancer métastatique, suivis à Gustave Roussy de recevoir un profilage moléculaire dans le cadre du programme FRESH, associé à une recommandation thérapeutique, en collaboration directe avec les programmes d’essais précoces de Gustave Roussy.

Promu par Gustave Roussy, l’essai est approuvé par les autorités réglementaires, l’investigateur principal est le Pr Antoine Italiano.

 PRISM Portal

L’ambition de l’essai clinique PRISM Portal est de poursuivre la dynamique nationale d’évaluation de la biopsie liquide sur le territoire en ajoutant des preuves de son impact clinique sur la prise en charge des patients atteints de cancers métastatiques. Un autre des objectifs est de découvrir de nouveaux moyens d'action thérapeutique, en identifiant des biomarqueurs innovants et en développant des thérapies ciblées les concernant.

Promu par Gustave Roussy, l’essai s’inscrit dans le cadre de l’IHU PRISM et est approuvé par les autorités réglementaires, l’investigateur principal est le Dr Benjamin Verret.

Valorisation académique

La constitution d’un réseau national, épaulé par l’exploitation d’une base de données unique de profilage génomique par biopsie liquide, représente une opportunité majeure de valorisation académique, en termes de publications scientifiques et de positionnement stratégique français au niveau international. La gouvernance pour l’utilisation secondaire des données FRESH est incluse dans l’IHU PRISM.

Le programme FRESH repose sur une équipe multidisciplinaire et hautement qualifiée.

Laboratoire de profilage génomique sur biopsie liquide

Chef de service : Dr Étienne Rouleau

Responsable ingénieur : Edouard Turlotte

Biologiste référent : Dr Voreak Suybeng

Biologistes médicaux : Dr Michael Degaud – Dr Ludovic Lacroix

Gestion des contrats et commandes : Manuella Lopes

Responsables logistiques : Natacha Castor, Joël Breton

Programme de médecine de précision et RCPm

Responsable : Pr Antoine Italiano

PRISM Portal

Responsable : Dr Benjamin Verret

Responsable scientifique du programme FRESH : Dr Marie Morfouace