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Plateforme de métabolomique
Unité mixte de service de rattachement
US23 – AMMICa
Type de plateforme
Plateforme technologique
Responsable scientifique
Pr Claudia Grajeda-Iglesias
Thématiques de recherche
Analyse spatiale, Bioinformatique / analyse de données, Métabolomique
Résumé
Les spectromètres de masse équipant la plateforme métabolomique permettent la mesure de toutes les classes potentielles de métabolites, aussi bien pour des approches ciblées que non ciblées, le profilage, réalisé au moyen d’un spectromètre de masse haute résolution (HRMS) couplé à une chromatographie ultra haute performance (UHPLC).
L’analyse métabolomique ciblée repose sur la technique MRM (multiple reaction monitoring) après séparation par UHPLC, en fonction des propriétés du métabolite d’intérêt. Nous quantifions en routine acides aminés et dérivés, acides gras, acylcarnitines, acylglycerides, nucléotides, lipides neutres, molécules de la glycolyse et du cycle de Krebs, entre autres.
Les analyses peuvent être effectuées sur divers types d’extraits d’échantillons biologiques, comme des biofluides, contenus fecaux et tissus issus de cohortes humaines, d’expérimentations animales ou des cellules en culture.
La technologie d'imagerie par spectrométrie de masse permet d'analyser de manière non-biaisée, la distribution spatiale de milliers de métabolites au sein de tissus biologiques et de cultures cellulaires.
La plateforme rassemble tous les moyens techniques requis lors d’un projet métabolomique, depuis l’extraction des métabolites de la matrice biologique jusqu’à l’analyse des données et le rendu des résultats. Elle est ouverte aux acteurs de la recherche de Gustave Roussy, ainsi qu'aux laboratoires externes, de statut public ou privé.
Nos services
Liste non exhaustive des prestations proposées :
• Définition et conception du dessin expérimental.
• Conseils concernant la mise en place du projet.
• Conseils et aide à la préparation de l’échantillon / contrôle qualité.
• Analyse par profilage LCMS.
• Analyses ciblées de familles de molécules : AnP/Coenzymes/Cofacteurs ; Polyamines ; Sucres phosphates / glycolyse ; Acides biliaires ; Acides gras à chaines courtes ; Acides gras libres ; Carnitines, phosphatidylcholine…
• Analyses ciblées à façon.
• Expérience de labelling isotopique.
• Imagerie par spectrométrie de masse.
• Mesure de masse à haute résolution.
• Traitement des données.
• Analyse bioinformatique et statistique.
La plateforme comporte les équipements suivants pour l’analyse métabolomique:
• UHPLC U3000 Dionex - Orbitrap q-Exactive Thermo Scientific
• UHPLC 1290 Binary Pump Agilent - QQQ 6470 Agilent
• DESI XS – Synapt XS Waters
Nous contacter
Si vous envisagez de nous confier une analyse, contactez-nous pour en savoir plus sur les options disponibles, définir la prestation, et établir un devis : metabolomique@gustaveroussy.fr
Equipe
KROEMER Guido - Responsable scientifique plateforme
Chercheur fonctionnaire
Employeur : Autre
APRAHAMIAN Fanny
Technicien de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
GRAJEDA IGLESIAS Claudia - Responsable opérationnel plateforme
Ingénieur de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
Publications clés
Contact
- Adresse
-
Pavillons de recherche
20, rue du Dr Pinel
94 800 Villejuif - Téléphone
- 0142115216
Responsable opérationnel de la plateforme
Claudia Grajeda-Iglesias