PCCR : Plateforme Cellules Circulantes Rares

Les services de la plateforme sont ouverts à tous, en interne à Gustave Roussy comme aux équipes extérieures. Le porteur de projet est invité à présenter celui-ci lors d’une réunion dédiée : ses faisabilités scientifique, technique et financière y sont alors discutées et validées, sous condition de l’acceptation d’un devis prévisionnel.

Service 1
Détection et numération de CTC après méthodes d’enrichissement ou directement dans le sang total.

Technologies : CellSearch, RosetteSep, Marquages immunofluorescents, ISET, Parsortix, Microscopie, Cytométrie en flux.

Application : Suivi longitudinal du compte total de CTC détectées à différents moments du parcours clinique des patients, Évaluation de la corrélation entre ces comptes de CTC et les résultats cliniques.

Caractérisation phénotypique des CTC détectées : Analyses multi-protéines (cibles thérapeutiques, récepteurs de tyrosine kinase, voix de signalisation, réparation de l’ADN).

Technologies : Marquages immunofluorescents, Microscopie, Cytométrie en flux conventionnelle, Cytométrie spectrale en cours de développement.

Applications : Estimation de la bio-activité des traitements, Prédiction précoce de la sensibilité ou la résistance aux thérapies, Etude de la progression tumorale.

Isolement des CTC détectées en cellules uniques.

Technologies : Cytométrie en flux.

Application : Stockage des CTC en vue d’analyses moléculaires ultérieures.

Analyses transcriptomiques des CTC à l’échelle de cellules uniques, en cours de développement.

Technologies : 10x Genomics, Smart-Seq, Pipelines bio-informatiques robustes assurant qualité et précision.

Applications : Validation et complément des biomarqueurs protéiques détectés dans les CTC, Etablissement d’un pipeline protéomique/transcriptomique complet, Evaluation de biomarqueurs prédictifs de la réponse aux traitements, Etude de la progression tumorale.

Caractérisation génomique des CTC détectées et isolées en cellules uniques : Analyses du nombre de copies de gènes, analyses des mutations.

Technologies : Amplification du génome entier et contrôles de qualité associés, Séquençage « LowPass whole genome » de nouvelle génération, Séquençage ciblé de nouvelle génération avec un panel cancer commercialisé (60 gènes), Pipelines bio-informatiques robustes assurant qualité et précision.

Applications : Validation de la nature tumorale des CTC détectées et isolées, Analyse de l’hétérogénéité tumorale, Etablissement d’un score d’instabilité tumorale, Identification d’oncogènes drivers, Évaluation de la corrélation entre ces altérations génomiques et les résultats cliniques, Etude de la progression tumorale.

Développement de projets innovants comme les xénogreffes à partir de CTC (CDX) chez les souris ou encore la culture de cellules tumorales sur membrane chorioallantoïque (CAM) de l’embryon de poulet.

Technologies : Expérimentations animales, Imagerie du petit animal.

Applications : Modélisation des tumeurs, Analyse du processus métastatique, Test de l’activité thérapeutique.