Plateforme Imagerie et Cytométrie

Le Pôle Cytométrie met à la disposition des unités de recherche des cytomètres analyseurs et trieurs de dernière génération pour la cytométrie en flux conventionnelle, spectrale et de masse. Elle propose également l'expertise de son personnel pour :
•    Formation et accompagnement sur la cytométrie (flux, spectrale, masse) 
•    Tri cellulaire (réalisation et formation)
•    Imagerie de masse pour la cartographie moléculaire et cellulaire des tissus.
•    Développement de panels multiplexés (EasyPanel, Cytekcloud)
•    Bio-informatique pour l’analyse non supervisée des données de cytométrie et d’imagerie (FlowJo, Kaluza, Omiq, Qupath)

Le pôle cytométrie propose un service de bio-informatique spécialisé dans l'analyse de données multiparamétriques. 
Le premier volet concerne la cytométrie (en flux, spectrale, de masse) et se concentre sur le traitement de jeux de données complexes via des méthodes de réduction de dimension, de clustering et d'analyses statistiques pour l'identification de biomarqueurs. En complément du support analytique (contrôle qualité, normalisation, correction d'effets batch), la plateforme assure une mission de formation, accompagnant les utilisateurs du niveau débutant à expert pour maîtriser l’exploitation de ces données.
Un deuxième volet concerne la biologie spatiale protéomique par technologie Hyperion. La plateforme a développé un pipeline d’analyse dédié permettant de cartographier les interactions cellulaires et le microenvironnement tumoral au sein des tissus. 

Le Pôle Microscopie, offre un soutien expert pour vos projets, couvrant toutes les étapes, de la préparation des échantillons à l'analyse des données.
•    Préparation d'échantillons : Nous vous formons et vous accompagnons pour des techniques avancées comme l'immunofluorescence, l'Expansion Microscopy et les méthodes de transparisation.
•    Technologies de microscopie : Accédez à un parc instrumental varié, incluant la microscopie en champ large, confocale, multi-photonique, techniques de super-résolution et microscopie à holotomographie (STED, FRET, TIRF, microscopie à feuille de lumière, Spinning Disk).
•    Analyse d'images : Formations et accompagnement personnalisé sur des logiciels d'analyse de données d'images tels que Fiji, Imaris et Huygens.
•    Expertise et reconnaissance : Labellisés IBISA et FBI France Bio Imaging, et membres des réseaux nationaux RTMFM et GDR Imabio. Notre équipe contribue également à l'écriture des articles scientifiques, garantissant une expertise de pointe.

Le Pôle Imagerie in vivo accompagne les équipes de recherche dans leurs projets d'imagerie préclinique et d'imagerie cellulaire in vivo. Il met à disposition son expertise pour l'ensemble du processus, de la mise en place des protocoles à l'analyse des données, en assurant la conformité aux réglementations européennes.
Imagerie préclinique 
•    Formation et accompagnement en imagerie in vivo en bioluminescence/fluorescence/microtomographie (IVIS Lumina III/Spectrum, QuantumGX3).
•    Suivi longitudinal de modèles tumoraux précliniques, évaluation de l’efficacité thérapeutique de traitements et validation de biomarqueurs en développement.
Imagerie cellulaire in vivo
•    Imagerie intravitale à haute résolution couplée à des dispositifs optiques implantables ou sur organes exposés.
•    Observation de la dynamique tumorale, interactions cellulaires, réponse thérapeutique.
•    Développée dans des projets de collaboration (stress oxydant, biodistribution, régénération tissulaire…).

Le pôle imagerie in vivo est intégré au groupe pluridisciplinaire SP2I (Surgery and Pathology photonic imaging), dédié au développement et à l’évaluation de technologies d’imagerie photonique, de l’échelle cellulaire à l’échelle macroscopique, via des protocoles in vivo et ex vivo, pour répondre à des problématiques cliniques en pathologie et en chirurgie. 
SP2I repose sur une collaboration entre spécialistes de l’imagerie, chirurgiens et pathologistes. Ses activités incluent le développement d’outils pour l’identification tissulaire, le contrôle des marges, l’évaluation fonctionnelle, ainsi que l’imagerie diagnostique et la chirurgie guidée par fluorescence dans des programmes précliniques et cliniques.
Le groupe a inclus plus de 1900 patients et collabore avec des partenaires académiques (PRISM, CREATIS, Polytechnique) et industriels (Vivascope, SERB…). Il bénéficie de financements nationaux et internationaux (la ligue contre le cancer, fondation avenir, PHRC-K, BPI France, Europe).