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Covid-19 News | 8 avril 2020

Synthèse d'actualités scientifiques liées au Covid-19, réalisée par des experts de Gustave Roussy.

Biologie

Voyage au cœur des protéines de Sars-CoV-2 : les bases de l’infection

Source New York Times – 3 avril 2020 – Résumé : Alexandre Bobard – Gustave Roussy

Spike, la protéine « couronne » du Coronavirus

Spike, la protéine « couronne » du Coronavirus

Le génome de Sars-CoV-2 a été séquencé en janvier dernier, à partir d’un échantillon prélevé sur un homme de 41 ans du marché de Wuhan. Connaitre le génome du virus, c’est la première étape pour mettre au point un vaccin, un traitement ou un outil diagnostique. Ainsi les 30 000 bases (3 milliards chez l’Homme en comparaison) d’ARN encodent 29 protéines dont l’objectif va être de produire de nombreuses copies du virus tout en le rendant « invisible » au système immunitaire. Ne pouvant se reproduire qu’au sein d’une cellule vivante, il doit d’abord s’y fixer puis y introduire sa molécule d’ARN qui va détourner les systèmes de production des protéines de l’hôte à son avantage. La production des 29 protéines virales va permettre de reconstituer de nouvelles particules prêtes à infecter la cellule voisine. Les protéines du virus sont ses armes et sont donc potentiellement toutes des cibles thérapeutiques. Celles de Sars-CoV-2 peuvent être regroupées en différentes catégories :

  • les ingénieurs forment la structure extérieure du virus et sont indispensables à ses missions de base (protéger l’ARN, empaqueter les nouvelles particules et les disséminer). La protéine Spike, en forme de « pics » autour du virus est actuellement la cible des vaccins car elle se fixe fortement sur la cellule humaine : un anticorps doit empêcher Spike de se fixer sur les cellules.
  • les hackers modulent les gènes et les protéines de l’hôte pour faciliter la multiplication du virus, et bloquent la signalisation vers le système immunitaire. Ils empêchent la cellule hôte de produire ses propres protéines (antivirales notamment) favorisant la cellule à produire des protéines virales.
  • les ostéos déroulent la molécule d’ARN, dévoilant des séquences cachées auparavant par la compaction de la molécule (imaginer une pelote de laine emmêlée). Des protéines de l’hôte peuvent alors se fixer et agissent comme des interrupteurs (démarrage d’une nouvelle étape de l’infection, la réplication par exemple ou la dissémination).
  • les photocopieuses assemblent les 30 000 nucléotides d’ARN de chaque copie du virus (combinaison de 4 molécules Adénosine, Guanine, Cytosine et Uracile - auuaaagguuuauc ..). Chaque nouveau virion contient une molécule d’ARN (le remsedivir, en test, cible cette voie).
  • les correcteurs surveillent le travail des photocopieuses et réparent si un A U G C est au mauvais endroit (évitent la mutation de la séquence).
  • les gardes du corps cachent et protègent l’ARN du virus de la dégradation (camouflage vis-à-vis des protéines antivirales de l’hôte).
  • les ciseaux coupent des morceaux d’autres protéines pour activer ou bloquer leur fonction. Certains ciblent des protéines du virus (effet on/off), d’autres de l’hôte (piratage sélectif de la machinerie de renouvellement des protéines).
  • les douaniers influencent le passage de molécules dans et hors du noyau de la cellule (où se trouve l’ADN de l’hôte). Fonction précise encore inconnue.
  • les moteurs impactent les déplacements des molécules dans la cellule et aident à construire des usines à virus dans des petites « bulles » appelées « endosomes ».
  • les nettoyeurs effacent les traces du virus au moment de sortir de la cellule infectée, pour éviter la détection des molécules d’ARN « nues » (non empaquetées dans un virion) par le système antiviral.
  • les pyromanes facilitent l’évasion de la cellule, tout en induisant la mort cellulaire programmée et peuvent déclencher des processus inflammatoires dangereux (d’où les dégâts sur les poumons).

Pourquoi décrire la stratégie du virus ? Comprendre la biologie du virus, c’est la première étape vers un traitement.

Évolution de la charge virale dans divers prélèvements cliniques de patients Covid-19

Source : medRxiv – Résumé d’après Semih Dogan – Gustave Roussy

Une étude de cohorte s’est intéressée à l’évolution de la charge virale dans les prélèvements nasopharyngés, crachats, selles et des anticorps anti nucléo-capside. Cette étude prospective a été menée dans la ville chinoise de Chongqing chez 67 patients Covid-19 positifs hospitalisés.

29 patients (43 %) ont développé des symptômes sévères. 67 % des patients ont été mis sous oxygène. 28 % des patients ont eu un traitement antibiotique empirique.

Cette étude nous apprend que le maximum du portage viral se situe durant la première semaine des symptômes (figures A-F). Le portage viral médian/maximum est plus prolongé dans les crachats (19j/37j) (figure B) et les selles (18j/26j) (figure C) que le nasopharynx (12j/38j) (figure A).

Le portage viral est plus prolongé chez les patients sévères (figures D-F). Par contre, les urines et le sang sont très rarement positifs et de façon très ponctuelle (résultats non montrés).

L’étude montre en outre que les anticorps IgM et IgG anti-nucléocapside apparaissent tardivement (entre 18 et 21 jours) et de façon inconstante. Les plus forts taux d’anticorps sont observés chez les patients sévères, ceux qui dont le portage viral est le plus prolongé.

En conclusion, cette étude nous montre que le portage viral dépasse les 14 jours en particulier dans les crachats et les selles et chez les patients sévères. Elle rappelle également que les anticorps anti-nucléocapside ne seront pas utiles au diagnostic en phase aiguë. Enfin, si les prélèvements du nasopharynx ne sont pas concluants en dépit de fortes suspicions cliniques, les crachats et les selles peuvent être une alternative.

Charges virales en fonction des durées d’infection

Figures A-F. Charges virales en fonction des durées d’infection dans les prélèvements nasopharyngés (nasopharyngeal swab), crachats (sputum), selles (stool).

Clinique – Symptômes

Les probabilités entre symptomes et asymptomatiques

Source : Pierre Paperon – Suivi analytique Coronavirus

Les probabilités entre symptômes et asymptomatiques
 
Trois signes cliniques à ne pas oublier

signes cliniques

Pourcentage of subjects vs reported symptoms

Source : Covid symptom tracker

Psychologie

Les phases de la pandémie : conséquences d’une situation chronique

Source : Victor Tseng – Commentaires : Sandrine Proust – Gustave Roussy

Toute situation de crise, qu’elle soit d’origine naturelle ou pas, se déroule selon un schéma identique. Mais une pandémie comme celle que nous traversons a la particularité de créer une résonance atypique dans l’opinion publique par l’émoi considérable qu’elle suscite et ses impacts multiples fondés sur deux risques majeurs : les atteintes à la santé et à la vie des individus ainsi que le potentiel de perturbation sociale et économique, notamment aggravées par les mesures de confinement.

Sur le plan de l’organisation sanitaire, quatre courbes successives et connexes peuvent être observées :

  • celle de l’épidémie elle-même, avec la gestion de la morbidité et de la mortalité des populations comprenant le suivi des patients sortis de réanimation ;
  • celle des impacts sur les ressources matérielles et humaines et la réorganisation de la prise en charge des patients urgents non-Covid ;
  • la troisième courbe représente les conséquences sanitaires des soins interrompus relatifs aux situations chroniques et la dernière caractérise les conséquences psychologiques, mentales et économiques, dont l’épuisement des professionnels engagés dans une crise sanitaire prolongée.

Si les trois premières courbes connaissent une trajectoire relativement proche - croissance, pic ou sommet plat puis décroissance -, celle relative aux impacts multiples augmente plus lentement, progressivement mais ne s’affaisse pas vraiment, se prolongeant en un plateau dont la durée est indéterminée. Sa forme illustre les nombreuses conséquences négatives à plus long terme d’une telle pandémie et le niveau maintenu de ces risques bien au-delà de la crise aiguë, rappelant la nécessité impérieuse de les accompagner respectivement durant l’après-crise.

Les phases de la pandémie

Prévention

Covid-19 : sortie du confinement

Source : Académie nationale de Médecine – 5 avril 2020

La courbe épidémique de Covid-19 montre qu’un plateau s’amorce dans les 53 États membres de la zone euro de l’OMS. Le gouvernement français a fixé provisoirement le terme de la période de confinement au 15 avril 2020. Afin que la sortie du confinement se fasse dans les meilleures conditions de prise en charge des cas graves dans les établissements de santé, de limitation de la propagation du virus, de reprise d’activités professionnelles et de compréhension par le public, l’académie nationale de Médecine recommande de retenir les principes suivants :

  • que la sortie du confinement soit décidée sur la base de la région et non par classe d’âge ;
  • que cette sortie ne soit autorisée que dans les régions dans lesquelles une décroissance nette du nombre des patients Covid-19 devant être hospitalisés et un retour des besoins de réanimation à l’état pré-épidémique sont observés ;
  • que les personnes résidant dans une région en sortie de confinement ne soient pas autorisées à se rendre dans une région encore en situation de confinement ;
  • que la décision concernant les régions frontalières soit prise en concertation avec les États ;
  • que la sortie de confinement soit accompagnée du maintien de l’interdiction des rassemblements (sauf cas exceptionnels, comme les obsèques, pour lesquelles le nombre maximal pourrait être de 20 personnes), du maintien des mesures barrières sanitaires, de leur renforcement par le port obligatoire d’un masque grand public anti-projection dans l’espace public ;
  • que l’argumentaire de la décision de sortie du confinement soit développé région par région ;
  • que la décision sur la sortie du confinement ne soit pas fondée sur les résultats de tests biologiques individuels, dont la disponibilité et la fiabilité n’apparaissent pas assurées à brève échéance, et dont les implications opérationnelles seront sources de confusion ;
  • que les études de sérologie (test Elisa) à visée épidémiologique en population générale soient déclenchées au plus vite dans tout le pays sur une base régionale, en vue d’apprécier le risque de survenue d’une deuxième vague épidémique.
  • que, par tous moyens, scientifiques, techniques, industriels et réglementaires, et à tous échelons, la mise au point, puis la production, d’un vaccin soit accélérée.

Considérant que les mesures qui seront prises en phase de sortie de confinement auront pour objectif la protection de la santé, l’Académie nationale de médecine invite à ce que la population soit informée sur l’intérêt sanitaire de ces mesures et elle encourage celle-ci à les respecter.

Liens utiles

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Cette newsletter est éditée par Gustave Roussy, sous la direction éditoriale du Pr Fabrice Barlesi et avec la coordination du Dr Antoine Crouan.

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