Gustave Roussy comporte 11 départements médicaux et chirurgicaux :
- Biologie et pathologie médicales
- Cancérologie de l'enfant et de l'adolescent
- Chirurgie et Interventionnel
- Département Interdisciplinaire d’Organisation du Parcours Patient (DIOPP)
- Département d’Innovation Thérapeutique et d’Essais Précoces (DITEP)
- Hématologie
- Imagerie médicale
- International
- Médecine oncologique
- Oncologie-radiothérapie
- Pharmacie
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