Plateforme de bioinformatique
La plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy a été créée en janvier 2012, pour répondre aux besoins de ses équipes de recherches. Elle propose différents services, allant de l’analyse de données de génomique au montage de projets en bioinformatique.
La plateforme a également pour mission d'accompagner la stratégie de développement de l’institut en lien avec les services existants (Service de Biostatistique et d’Epidémiologie, Plate-forme de Biologie Intégrée) et avec les bioinformaticiens travaillant au sein des équipes de recherche de Gustave Roussy. Elle se développe par ailleurs sur le plan national, en s’inscrivant dans le réseau RéNaBi, via la plateforme APLIBIO, et par le biais de partenariats avec l’université Paris-Sud.
Activités
Nos services s’adressent aussi bien à des biologistes qu’à des bioinformaticiens, pour des besoins ponctuels ou des projets plus conséquents à long terme :
Bioanalyses
Conception, définition du design expérimental (microarrays, exon capture), analyse de données génomiques en collaboration avec la plate-forme de génomique de l'institut (Agilent, ion torrent...) ou analyse de données produites en externe (microarrays Affymetrix, données NGS...). Le pipeline disponible actuellement est dédié à la détection de mutations (CNV, SNP, INDEL de petites tailles) pour tout type de technologie (ion torrent, illumina).
Conseil / Support
Elaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante "bioinformatique" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plate-forme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service.
Formations
Organisation de formations spécifiques dans vos locaux (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques).
R&D
Développement de pipelines : analyse de données de Gene Expression Affymetrix, analyse de données CGH-array, analyse de données de Whole genome sequencing, RNA-seq, Chip-seq.
Prestations de services
Merci de bien vouloir transmettre votre demande par e-mail à pf-bioinfo@gustaveroussy.fr en précisant au mieux votre projet.
Après avoir accusé réception de votre demande, nous vous contacterons afin de vous rencontrer pour définir ensemble le cahier des charges de notre prestation.
